Tenho visto muitas pessoas compilando programas em suas maquinas, isto para aprendizado muito vezes é bom, mas para o sistema é muito ruin 
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O dpkg mantem uma base de dados com informações sobre os pacotes instalados. O que permite que o apt, aptitude, synapt e outros saibam que é hora de atualizar, onde estão os arquivos do pacote para uma remoção sem deixar lixo.
Quando você baixa os fontes em um deteminado site e compila os programas na sua maquina, você está gerando uma inconsistencia, muitas vezes perigosa. Não queira imagina a confusão que dá você compilar o pacote Xpto-v1, mais atual que acabou de ser lançado, você o utiliza bastante, mas um determinado dia você executa o “apt-get install Xpto” , o apt não sabe que você já tinha o pacote Xpto-v1 e resolve instalar a versão atual dos repositorios, que no caso eh o Xpto-v0.085, imaginou?
Mas temos varias maneiras de não termos dor de cabeça alguma.
Primeiramente quando você quiser instalar um software, faça uma busca nos repositorios:
$sudo apt-cache search
Caso não encontre, verifique o seu source.list, veja se o repositorio universe está descomentado. Repita a busca, caso não obtenha exito, verifique seu source.list e veja se o respositorio multiverse está descomentado. Se mesmo assim você não encontrar o software que você deseja, recomendo fazer uma busca nos sites de busca ou no www.apt-get.org, assim você não joga fora o trabalho que alguem teve de criar um pacote .deb para você. 
Agora vamos pensar no caso de você não ter encontrado o pacote, ou até mesmo você ter encontrado pacotes desatualizados, e você gostaria muito de testar todas as novas funcionalidades no Xpto que ainda está nao cvs. Então você irá fazer o download do Xpto-vXX.tar.gz, descompacta-lo no seu local preferido e seguir os passos para compilação, que na sua maioria, se resume a ./configure, make, make install. (leia os arquivos README e o INSTALL do programa para maiores detalhes)
O pulo do gato agora está em você compilar o pacote Xpto e transforma-lo num .deb, levando em consideração que você não irá ler todas as policies do debian, vamos criar o nosso .deb!
Primeiro você deve instalar o checkinstall, para isso, descomente a linha referente o repósitorio universe do seu source.list.
$sudo apt-get install checkinstall
O que vem a ser o checkinstall, ele é um programa que gera .deb, .rpm e .tgz após a compilação.
Com o seu Xpto-vXXX.tar.gz descompactado você entra no diretorio:
$cd Xpto-vXXX
$./configure
$make
$checkinstall #Notou algo diferente?
O chechkinstall criará um .deb, e irá instalar esse .deb para você.
Nota: Essa não é a maneira mais eficiente e correta de se criar um .deb, isto é apenas uma exeção, usado somente para não perder a integridade da base de dados do dpkg.
